En 1177, la paroisse était constituée, faisant partie du décannat d'Aubonne et dépendait des sires de Gex. L'église, placée sous le patronage de Saint-Loup, évêque de Troyes, et son cimetière devaient se trouver près de la belle allée de platanes, au lieu dit champ du cimetière.
Le plus ancien titre par lequel l'église nous est connue est une transaction datée de 1191, conclue à Thonon entre l'Eglise de Genève et le couvent du Grand-Saint-Bernard, fixant que les desservants de St Loup seraient nommés par le prévôt du Grand-Saint-Bernard.
Quelques blocs de pierres supposés appartenir à cette église ont été retrouvés lors de la construction de villas.

Au XIX° siècle, dans le château de St Loup,une chapelle privée avait été construite sur l'aile nord. Pendant la période du Kulturkampf, des services religieux s'y déroulaient. Mgr Mermillod et le curé Battiaz étaient des habitués de ce lieu.

Histoire de Versoix, J.-P. Ferrier. 1942
Archives privées
Service cantonal d'archéologie, Genève 2014